Quốc vương Habsburg cai trị với tư cách là Hoàng đế Áo[10] đối với nửa phía tây và phía bắc của đất nước là Đế quốc Áo ("Các vùng đất được đại diện trong Hội đồng Hoàng gia" hay Cisleithania)[11] và với tư cách là Vua Hungary[10] đối với Vương quốc Hungary ("Vùng đất của Vương miện Thánh Stephen" hay Transleithania).[11] Ngoại giao, chiến tranh và liên minh thuế quan được quản lý chung.[12] Tất cả các chức năng nhà nước khác sẽ được xử lý riêng biệt bởi từng nước.

Một số vùng nhất định, chẳng hạn như Galicia thuộc Ba Lan trong Cisleithania và Croatia trong Transleithania được hưởng quy chế tự trị, mỗi vùng có cấu trúc chính quyền độc đáo của riêng mình (xem: Tự trị Ba Lan ở Galicia và Thỏa thuận Croatia-Hungary).

Sự phân chia giữa Áo và Hungary rõ ràng đến mức không có quốc tịch chung: một người là công dân Áo hoặc công dân Hungary, không bao giờ là cả hai.[13][14] Điều này cũng có nghĩa là luôn có hộ chiếu Áo và Hungary riêng biệt chứ không bao giờ có hộ chiếu chung.[15][16] Tuy nhiên, cả hộ chiếu của Áo và Hungary đều không được sử dụng ở Vương quốc Croatia-Slavonia. Thay vào đó, Vương quốc đã phát hành hộ chiếu của riêng mình được viết bằng tiếng Croatia và tiếng Pháp và hiển thị quốc huy của Vương quốc Croatia-Slavonia-Dalmatia trên chúng.[17] Croatia-Slavonia cũng có quyền tự chủ hành pháp liên quan đến nhập tịch và quyền công dân, được định nghĩa là "quốc tịch Hungary-Croatia" cho các công dân của vương quốc.[18] Người ta không biết loại hộ chiếu nào đã được sử dụng ở Bosnia-Herzegovina, vốn nằm dưới sự kiểm soát của cả Áo và Hungary.

Vương quốc Hungary luôn duy trì một quốc hội riêng biệt là Nghị viện Hungary ngay cả sau khi Đế quốc Áo được thành lập vào năm 1804. [19] Cơ quan hành chính và chính phủ của Vương quốc Hungary (cho đến cuộc cách mạng Hungary 1848–49) phần lớn vẫn chưa bị ảnh hưởng bởi cấu trúc chính phủ của Đế quốc Áo bao trùm. Các cơ cấu chính phủ trung ương của Hungary vẫn tách biệt rõ ràng với chính phủ đế quốc Áo. Đất nước được điều hành bởi Hội đồng trung ương Hungary (Gubernium) đặt tại Pressburg và sau đó là Pest và bởi Thủ hiến Tòa án Hoàng gia Hungary tại Vienna.[20] Chính phủ Hungary và quốc hội Hungary đã bị đình chỉ sau cuộc cách mạng Hungary năm 1848 và được phục hồi sau Thỏa hiệp Áo-Hung năm 1867.

Mặc dù Áo và Hungary dùng đồng tiền chung nhưng họ là những thực thể độc lập và có chủ quyền về mặt tài chính.[21] Kể từ khi bắt đầu liên minh cá nhân (từ năm 1527), chính phủ Vương quốc Hungary có thể bảo toàn ngân sách riêng và độc lập của mình. Sau cuộc cách mạng 1848–1849, ngân sách Hungary được hợp nhất với Áo và chỉ sau Thỏa hiệp năm 1867, Hungary mới có được một ngân sách riêng.[22] Từ năm 1527 (sự ra đời của liên minh cá nhân theo chế độ quân chủ) đến năm 1851, Vương quốc Hungary duy trì các biện pháp kiểm soát hải quan của riêng mình, điều này ngăn cách nó với các phần khác của lãnh thổ do nhà Habsburg cai trị.[23] Sau năm 1867, hiệp định liên minh thuế quan Áo và Hungary phải được đàm phán lại và quy định mười năm một lần. Các hiệp định đã được Vienna và Budapest gia hạn và ký kết vào cuối mỗi thập kỷ vì cả hai nước đều hy vọng đạt được lợi ích kinh tế chung từ liên minh thuế quan. Đế quốc Áo và Vương quốc Hungary ký kết các hiệp ước thương mại nước ngoài của họ một cách độc lập với nhau.[11]

Vienna từng là thủ đô chính của Vương triều. Phần Cisleithanien (Áo) chiếm khoảng 57% tổng dân số và chiếm phần lớn hơn các nguồn lực kinh tế so với phần Hungary.